کمی بعد اما تمام انگشتانش را شکستند و بعد از ۱۷ ضربه چاقو، شاهرگش را زدند و جنازهاش را در بیابان‌های یافت‌آباد انداختند.
زال‌زاده، روزنامه‌نگار و ناشر، ۵ اسفند ۱۳۷۵ ربوده شد و ۳۷ روز بعد جنازهاش را در بیابان‌های یافت‌آباد پیدا کردند. بعدها برادرش از جزئیات قتل او گفت.
زال‌زاده که مدیر نشرهای بامداد و ابتکار و سردبیر نشریه معیار بود، سال ۱۳۷۵ در سرمقاله این نشریه با عنوان «آقای رئیس‌جمهور، ما اذان بی‌وقت می‌گوییم» خطاب به اکبر هاشمی رفسنجانی، رئیس‌جمهور وقت، چنین نوشته بود: آقای رئیس‌جمهور، در تاریخ دیده‌‌ایم که هیچ نظام دیکتاتوری پایدار نبوده و نخواهد بود. شما بهتر می‌دانید که هر نظامی که نتواند از تاریخ بیاموزد و سیاست‌های خود را در راستای خواسته و مطالبات توده‌های مردم منطبق کند، سرنوشتش همان خواهد شد که بر سر نظام‌های دیکتاتوری پیشین آمده است و سرنگون خواهد شد. تاریخ را نه من و نه شما می‌نویسیم، بلکه این خود توده‌ها هستند که این تاریخ را رقم زده و می‌زنند.
نشریه معیار بعد از انتشار این سرمقاله توقیف شد و ابراهیم زال‌زاده مدتی بعد ربوده و به قتل رسید. برادرش میگوید: اطرافیان رفسنجانی گفته بودند وقتی این سرمقاله را خوانده خیلی عصبانی شده و گفته کسی نیست که این را خفه یا آرام کند؟
بلافاصله مجله را بستند و بعد از مدتی هم این اتفاق برایش افتاد. یک روز قبل از ربوده شدن ابراهیم، برادرش که از آلمان راهی باکو بود،از او خواسته بود که به باکو سفر کند، اما در پاسخ شنید که خیلی سرم شلوغ است و عجیب مثل سایه دنبالم هستند.
فردای آن روز در راه بازگشت از دفترش،سر خیابان منزلش، از یک گلفروشی که تا منزلش ۲۰۰ متر فاصله داشت برای همسرش دسته‌گل یاس می‌گیرد و به سمت خانه حرکت می‌کند. در همین فاصله او را ربودند و به جای نامعلومی بردند.
بعد از ۵روز ماشین ابراهیم در خیابان توانیر، پیدا می‌شود. زیر صندلی‌‌اش کارت خبرنگاری ش و روی صندلی پشت،گلی که برای همسرش خریده بود و خشک شده بود. انداختن کارت خبرنگاری زیر صندلی حکایت از ربودن او داشت؛ ابراهیم با دوستانش قرار گذاشته بود که اگر ربوده شدند، کارت خبرنگاری را بیندازند.
بیخبری از وضعیت ابراهیم زال‌زاده ۳۷ روز طول می‌کشد. در این فاصله، مسئولان ابراز بیخبری می‌کردند و از همسر او می‌خواستند اطلاع‌رسانی نکند. بعد از ۳۷ روز گفتند ایشان را کشته و جسد را در بیابان‌های یافت‌آباد انداخته‌اند. آن اطراف قنات زیاد است. یعنی اگر نمی‌خواستند پیدا شود، می‌انداختند توی یکی از این چاهها و دیگر پیدا نمی‌شد. ولی انداخته بودند کنار خیابان.
توصیف وضعیت جنازه ابراهیم زال‌زاده حتی با گذشت سالها برای برادرش سخت و تکان‌دهنده است: نمی‌دانم این‌ها چه‌طور به خودشان می‌گویند انسان. شما یک خودکار یا یک مداد بردارید ۱۷ بار روی کاغذ بزنید خسته می‌شوید؛ ۱۷ ضربه روی قفسه سینه برادرم زده بودند و بعد شاهرگ او را بریده بودند؛ به قول معروف، تیر خلاص.
قبلش انگشتانش را شکسته بودند. قلم ابراهیم را هم شکاندند. یعنی انگشتانش را، هر ده انگشتش را شکانده بودند. مادرش ۶ماه بعد دق می‌کند و از دنیا می‌رود. پس از آن، در ایران، همسرش پیگیر پرونده قتل او می‌شود، اما او را تهدید می‌کنند که دست از پیگیری بردارد.
حجاریان که همکلاسی ابراهیم بوده بعدها به برادر ابراهیم میگوید «سعید امامی کشته و مدت‌های مدیدی بود که ابراهیم در لیست قرار داشته.
